மடங்களை நிர்வகிக்க தக்காரை நியமித்து அரசு பிறப்பித்த உத்தரவை ரத்து செய்யக்கோரி இந்தியாவிலேயே இல்லாத நித்தியானந்தா வழக்கு தாக்கல் செய்துள்ளதாக கூறி, மேல்முறையீடு மனுவை தள்ளுபடி செய்து சென்னை உயர் நீதிமன்றம் உத்தரவிட்டுள்ளது.
நாகப்பட்டினம் மற்றும் திருவாரூர் மாவட்டங்களில் உள்ள வேதாரண்யம் ஸ்ரீ போ.கா.சாதுக்கள் மடம், ஸ்ரீ அருணாசல ஞானதேசிக சுவாமிகள் மடம், ஸ்ரீ பாலசாமி, சங்கரசாமி மடம், ஸ்ரீ சோமநாத சுவாமி கோவில் மடம் ஆகிய நான்கு மடங்களின் மடாதிபதியாக நித்யானந்தாவை நியமித்து, மடாதிபதி ஆத்மானந்தா அறிவித்தார். இதுசம்பந்தமாக நாகப்பட்டினம் நீதிமன்றத்தில் உரிமையியல் வழக்குகள் நிலுவையில் உள்ளன.
இந்நிலையில், ஆத்மானந்தா மறைந்ததை அடுத்து, பக்தர் ஒருவர் அளித்த புகாரின் அடிப்படையில், நான்கு மடங்களையும் நிர்வகிக்க, தக்கார் நியமித்து இந்து சமய அறநிலையத் துறை உத்தரவு பிறப்பித்தது. இந்த உத்தரவை எதிர்த்து, நித்யானந்தா சார்பில் தாக்கல் செய்யப்பட்ட வழக்கை விசாரித்த தனி நீதிபதி, மடங்களை நிர்வகிக்க தக்கார் நியமித்து அரசு பிறப்பித்த உத்தரவில் தலையிட முடியாது எனக் கூறி மனுவை தள்ளுபடி செய்து உத்தரவிட்டார்.
தனி நீதிபதியின் உத்தரவை எதிர்த்து நித்தியானந்தா தரப்பில் தாக்கல் செய்யப்பட்ட மேல் முறையீட்டு வழக்கு நீதிபதிகள் ஆர்.சுப்பிரமணியம் மற்றும் சி.குமரப்பன் அடங்கிய அமர்வில் விசாரணைக்கு வந்தது.
அப்போது, இந்துசமய அறநிலையத்துறை தரப்பில் ஆஜரான சிறப்பு வழக்கறிஞர் அருண் நடராஜன், நித்தியானந்தா இந்தியாவிலேயே இல்லை என்றும் தென் அமெரிக்காவில் உள்ள ஈக்வடாரில் உள்ளதாக தெரிவித்தார்.
இதையடுத்து, நித்தியானந்தா, பிரேமானந்தா, ஆத்மானந்தா போன்றவர்கள் என்றாலே பிரச்சனையாக இருக்கிறது. தற்போது நித்தியானந்தா இந்தியாவிலேயே இல்லை என்றும், அவர் மீது வழக்கு நிலுவையில் உள்ள நிலையில், தனி நீதிபதி பிறப்பித்த உத்தரவில் தலையிட முடியாது எனக் கூறி, நித்தியானந்தா தொடர்ந்த மேல் முறையீட்டு வழக்கை தள்ளுபடி செய்து உத்தரவிட்டனர்.